Epidemiologia molecolare, biostatistica e bioinformatica
A.A. 2025/2026
Learning objectives
Il corso si propone fornire le necessarie ed indispensabili nozioni di statistica biomedica, epidemiologica, di epidemiologia molecolare e di bioinformatica per il disegno, lo sviluppo e l'interpretazione di studi basati su metodiche molecolari e genomiche. Allo studente queste conoscenze sono indispensabili per utilizzare al meglio le diverse tecniche e metodologie molecolari quando applicate nella pratica dei diversi ambiti (sanitario, zootecnico, biologico)
Expected learning outcomes
-) Capacità di applicare in modo corretto le tecniche epidemiologiche nella valutazione dei test diagnostici molecolari e non
-) Capacità di applicare correttamente le tecniche epidemiologiche nel disegno di studi sperimentali ed osservazionali.
-) Capacità di analizzare dati di genomica strutturale e di espressione genica per l'identificazione di geni legati a caratteri mendeliani e complessi
-) Capacità di utilizzare le banche dati (ENSEMBL / NCBI) per l'annotazione genica.
-) Capacità di applicare correttamente le tecniche epidemiologiche nel disegno di studi sperimentali ed osservazionali.
-) Capacità di analizzare dati di genomica strutturale e di espressione genica per l'identificazione di geni legati a caratteri mendeliani e complessi
-) Capacità di utilizzare le banche dati (ENSEMBL / NCBI) per l'annotazione genica.
Periodo: Secondo semestre
Modalità di valutazione: Esame
Giudizio di valutazione: voto verbalizzato in trentesimi
Corso singolo
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Course syllabus and organization
Edizione unica
Responsabile
Periodo
Secondo semestre
Programma
Lezioni frontali (16 ore):
- Statistica descrittiva (2 ore);
- Test delle ipotesi nella statistica (2 ore);
- Statistica inferenziale (2 ore)
- La differenza tra medie di un campione e inferenza dei risultati nella popolazione, t-test (2 ore);
- Regressione lineare e test delle ipotesi con ANOVA (2 ore);
- Le banche dati biologiche (NCBI, Ensembl, UCSC Genome Browser) (2 ore)
- Strumenti per l'analisi bioinformatica (2 ore)
- Analisi della variabilità genomica (2 ore)
Esercitazioni (8 ore):
Applicazione degli argomenti visti a lezione su dataset reali mediante l'utilizzo di RStudio e programmi per l'analisi dei dati biologici (plink).
Modulo di Epidemiologia molecolare
Il corso si propone fornire le necessarie ed indispensabili nozioni di epidemiologia molecolare sia per quanto riguarda gli aspetti legati all'evoluzione molecolare e alla filogenesi. Tali conoscenze sono indispensabili per lo studente per utilizzare al meglio le diverse tecniche e metodologie molecolari
Il corso prevede l'approfondimento ed il completamento delle tecniche epidemiologiche di base acquisite nel corso di laurea triennale con particolare attenzione alla loro applicazione nell'ambito degli studi molecolari. In particolare si propone di approfondire i temi legati a:
1. Biostatistica: principi ed applicazioni 2h
2. Epidemiologia: principi ed applicazioni 2h
3. Biostatistica: principi ed applicazioni 2h
4. Epidemiologia: principi ed applicazioni 4h
5 introduzione all'epidemiologia molecolare. 2h
6. teoria e pratica per la tassonomia e classificazione dei patogeni in ambito biomolecolare. 4h
7. modelli statistici in evoluzione molecolare. 2h
8. costruzione ed analisi di alberi filogenetici. 2h
9. teoria e pratica per il disegno degli esperimenti e per le indagini epidemiologiche nel campo delle patologie diffusive e delle zoonosi 2h
10. teoria e pratica per l'analisi epidemiologica dei dati ottenuti da studi sperimentali e di campo nell'ambito delle patologie diffusive e delle zoonosi. 2h
Le esercitazioni sono rivolte all'utilizzo delle metodologie e dei software disponibili per le applicazioni di epidemiologia molecolare. 12h
- Statistica descrittiva (2 ore);
- Test delle ipotesi nella statistica (2 ore);
- Statistica inferenziale (2 ore)
- La differenza tra medie di un campione e inferenza dei risultati nella popolazione, t-test (2 ore);
- Regressione lineare e test delle ipotesi con ANOVA (2 ore);
- Le banche dati biologiche (NCBI, Ensembl, UCSC Genome Browser) (2 ore)
- Strumenti per l'analisi bioinformatica (2 ore)
- Analisi della variabilità genomica (2 ore)
Esercitazioni (8 ore):
Applicazione degli argomenti visti a lezione su dataset reali mediante l'utilizzo di RStudio e programmi per l'analisi dei dati biologici (plink).
Modulo di Epidemiologia molecolare
Il corso si propone fornire le necessarie ed indispensabili nozioni di epidemiologia molecolare sia per quanto riguarda gli aspetti legati all'evoluzione molecolare e alla filogenesi. Tali conoscenze sono indispensabili per lo studente per utilizzare al meglio le diverse tecniche e metodologie molecolari
Il corso prevede l'approfondimento ed il completamento delle tecniche epidemiologiche di base acquisite nel corso di laurea triennale con particolare attenzione alla loro applicazione nell'ambito degli studi molecolari. In particolare si propone di approfondire i temi legati a:
1. Biostatistica: principi ed applicazioni 2h
2. Epidemiologia: principi ed applicazioni 2h
3. Biostatistica: principi ed applicazioni 2h
4. Epidemiologia: principi ed applicazioni 4h
5 introduzione all'epidemiologia molecolare. 2h
6. teoria e pratica per la tassonomia e classificazione dei patogeni in ambito biomolecolare. 4h
7. modelli statistici in evoluzione molecolare. 2h
8. costruzione ed analisi di alberi filogenetici. 2h
9. teoria e pratica per il disegno degli esperimenti e per le indagini epidemiologiche nel campo delle patologie diffusive e delle zoonosi 2h
10. teoria e pratica per l'analisi epidemiologica dei dati ottenuti da studi sperimentali e di campo nell'ambito delle patologie diffusive e delle zoonosi. 2h
Le esercitazioni sono rivolte all'utilizzo delle metodologie e dei software disponibili per le applicazioni di epidemiologia molecolare. 12h
Prerequisiti
Nessuno
Metodi didattici
Lezioni frontali mediante l'ausilio di supporti informatici, inclusi specifici software. Esercitazioni mediante la discussione per lo sviluppo ed applicazione di studi epidemiologici e genomici attraverso analisi dei dati raccolti ed utilizzando software specifici.
Materiale di riferimento
- Bottarelli & Ostanello. Epidemiologia. Teoria ed esempi di medicina veterinaria - Edagricole 2011
- Thrusfield - Veterinary Epidemiology - IV edition Blackwell, 2018
- Riley Molecular Epidemiology of Infectious Diseases: Principles and Practices ASM 2004
- Foxman - Molecular Tools and Infectious Disease Epidemiology Ap 2011
- Dispense fornite dai docenti.
- Thrusfield - Veterinary Epidemiology - IV edition Blackwell, 2018
- Riley Molecular Epidemiology of Infectious Diseases: Principles and Practices ASM 2004
- Foxman - Molecular Tools and Infectious Disease Epidemiology Ap 2011
- Dispense fornite dai docenti.
Modalità di verifica dell’apprendimento e criteri di valutazione
L'apprendimento verrà valutato attraverso la partecipazione degli studenti nella fase esercitativa e al termine del corso mediante un esame scritto (test) e un esame orale.
Gli argomenti d'esame sono quelli erogati nel corso
Gli argomenti d'esame sono quelli erogati nel corso
AGR/17 - ZOOTECNICA GENERALE E MIGLIORAMENTO GENETICO - CFU: 3
VET/05 - MALATTIE INFETTIVE DEGLI ANIMALI DOMESTICI - CFU: 5
VET/05 - MALATTIE INFETTIVE DEGLI ANIMALI DOMESTICI - CFU: 5
Esercitazioni: 24 ore
Lezioni: 36 ore
Lezioni: 36 ore
Docenti:
Bagnato Alessandro, Zecconi Alfonso Agostino
Turni:
Docenti:
Bagnato Alessandro, Zecconi Alfonso Agostino
1 turno per un gruppo di studenti
Docente:
Zecconi Alfonso Agostino2 turno per un gruppo di studenti
Docente:
Zecconi Alfonso AgostinoProfessor(s)
Ricevimento:
Ogni giorno su appuntamento
Ufficio, campus di Lodi
Ricevimento:
su appuntamento
Via Pascal 36 Milano